В 2005 году директор по программному обеспечению iPod попросил Шейера «помочь двум инженерам из Министерства энергетики США создать специальный iPod». На самом деле они работали на компанию Bechtel, крупного оборонного подрядчика США. В то время только четыре человека в Apple знали о проекте, все они уже давно покинули компанию. Документальных подтверждений работы над «секретной» версией плеера не сохранилось.
Модифицированный iPod должен был выглядеть как обычный плеер с той разницей, что дополнительные данные помимо музыки, записанные на жесткий диск не должны были обнаруживаться. Основная роль Шейера в проекте заключалась в предоставлении любой помощи для Министерства энергетики со стороны Apple. Подрядчикам предоставили офис в штаб-квартире компании, и в течение нескольких месяцев их научили ориентироваться в операционной системе iPod и менять её.
Для модификации был выбран iPod пятого поколения из-за легко открывающегося корпуса и большого жесткого диска на 60 ГБ. Это была последняя версия плеера, для которого Apple не использовала цифровую подпись операционной системы, что упростило модификацию программного обеспечения.
Министерство энергетики отвечает за ядерное оружие и ядерно-энергетические программы США, и в 2005 году его бюджет составлял 24,3 миллиарда долларов. Шейер полагает, что модифицированный iPod мог бы использоваться в качестве «незаметного счетчика Гейгера». Он считает, что такое устройство было бы чрезвычайно полезно для проведения тайных операций по сбору доказательств радиоактивности.
