Нам не понадобится ничего устанавливать и форматировать. Идём на и качаем оттуда образ Ubuntu - не важна версия и разрядность, для определённости пусть будет Ubuntu 14.04. Скачанный образ записываем на болванку или флешку (можно для этого использовать - флешка сразу будет загрузочной). Загружаемся с нашего носителя в режиме LiveCD (Try Ubuntu without installing). Запускаем консоль (Ctrl+Alt+T), чтобы не вводить перед каждой командой sudo, пропишем первым делом
| sudo su |
| apt-get install clamav |
| freshclam |
| fdisk -l |

/dev/sda2 - это наш раздел с Windows, потому как на это указывает файловая система NTFS, естественно, у вас может быть несколько NTFS-разделов, тогда смотрим на звёздочку в столбце Boot - это указатель системного раздела.
Создадим папку, в которую примонтируем нашу Windows:
| mkdir /media/Win |
| mount /dev/sda2 /media/Win |
| mkdir /tmp/vir clamscan -v -r --bell --move /tmp/vir --log /tmp/virus.log /media/Win |
-r - Проверять все подпапки
--bell - Делает "дзинь", когда находит вирус
--move - Перемещать вирусы в папку /tmp/vir/
--log - Сохранять лог в файл /tmp/virus.log
/media/Win - Наша заражённая Windows
Все заражённые файлы будут перемещены в папку /tmp/vir.
Естественно, такой способ - не панацея и не избавит вас от проблем, если система уже изрядно потрёпана зверьём, но всё же это отличный способ победить многие проблемные вирусы и трояны в особенности.