Пользователи iPhone 6s и iPhone 6s Plus пожаловались на искажения интерфейса стандартных приложений iOS 9 при попытке восстановить на устройствах резервную копию от iPhone с экраном четыре дюйма, то есть 5, 5s и 5c. Компания Apple уже знает о существовании этой проблемы, но пока пользователям предлагается лишь сделать полный сброс устройства или отключить режим «Увеличено» в разделе настроек экрана. Кстати, в третьей бета-версии iOS 9.1 эта проблема отсутствует.
Второй неприятностью владельцев iPhone 6s и iPhone 6s Plus стали непроизвольные выключения смартфонов даже в моменты, когда у них полный заряд аккумулятора. Некоторые пользователи отмечают, что в этот момент кнопка со сканером Touch ID нагревается. После такого отключения единственный способ вернуть устройство к жизни — в течение десяти секунд держать зажатыми кнопки Home и включения. Больше всего этой проблеме подвержены смартфоны под управлением iOS 9.0.1, так что это может быть программной недоработкой.