Добрый день! Почему активация iMessage происходит за деньги, а WhatsAp...

Да просто потому, что это Apple. Та самая, которая за обычный силиконовый чехол просит 3000 рублей, которая не кладет адаптеры быстрой зарядки к телефонам почти за 100 тысяч и хочет, чтобы вы их отдельно покупали, которая устроила зоопарк из кабелей и переходников (совсем недешевых, конечно же), которая просит за свои телефоны намного больше, чем стоят полные аналоги у других марок, и так далее. Apple надо, чтобы вы платили, и вы будете платить, какой выход-то?

Ну а касаемо вотсапа и других мессенджеров — им просто надо, чтобы у них было больше пользователей. Всё.

Возможно, активация происходит посредством отправки международного смс.
Можете посмотреть в приложении своего оператора или позвонить в контакт-центр и узнать, было ли отправлено смс