Как выяснил сайт Android Police, в Android 5.0 Lollipop используется новый метод установки обновлений от производителей и операторов. Раньше прошивка проверяла сигнатуру каждого системного файла, и если с ней все было в порядке обновляла его. Это значит, что официальные обновления можно было устанавливать даже на устройства с root-доступом.
В Lollipop алгоритм обновлений поменялся. Теперь прошивка проверяет, не модифицировал ли пользователь системные файлы. Если да — обновление не будет установлено.
С технической точки зрения новый метод получения апдейтов более прагматичный и требует меньших затрат времени и ресурсов, поскольку обновить всю систему целиком гораздо проще, чем каждый ее файл по отдельности. Это изменение коснется тех относительно немногочисленных пользователей Android, которые устанавливают кастомные прошивки и делают root, апдейты Lollipop им придется устанавливать вручную (с компьютера по кабелю или через рекавери с карты памяти).